در سال 1348 آموزش های تاکتیکی هواپیمای شکاری اف5 را به سرعت گذراند و به عنوان افسرخلبان جنگنده شکاری تاکتیکی اف5 تایگر در گردان 43 شکاری، فعالیت های پروازی خود را در پایگاه هوایی دزفول آغاز کرد.
در سال 1351 بین خلبانان تمام پایگاه ها در پایگاه دزفول برگزار شد حائز مقام نخست در بین تمامی خلبان ها شد و به عنوان قهرمان قهرمانان معرفی شد در سال ۱۳۵۳ جهت گذراندن دوره کارشناسی تفسیر عکس های هوایی و مدیریت اطلاعات و عملیات هوایی مجددا به امریکا اعزام گردید .
پس از بازگشت در پایگاه های هوایی بوشهر و تبریز به خدمت پرداخت شهید اقبالی در سال 1354 ازدواج کرد که ثمره آن فرزندی پسر بود که هم اکنون از پزشکان حاذق کشور است. براساس مدارک موجود در پرونده پرسنلی این شهید وی همواره در وضعیت عالی پروازی آکادمیک و انضباطی قرار داشته است. دریافت بیش از سه هزار ساعت پرواز عملیاتی و آموزش خلبانی به ده ها دانشجوی جوان که تعدادی از آنها همچون شهیدان سرافراز سرلشگر خلبان عباس بابایی و سرلشگر خلبان مصطفی اردستانی به مقام والای شهادت نایل شده اند و یا به رده های ارشد فرماندهی نیروی هوایی رسیده اند کارنامه درخشان شهید سیدعلی اقبالی است. در بیان خصوصیات این شهید نوشته اند وی فردی به تمام معنا صمیمی و مهربان بود فروتن و خویشتن دار گشاده رو و متین آراسته و با اخلاق نیکو و منش بسیارانسانی شهید اقبالی علاقه وافری به قرآن داشت و هرچند وقت کل قرآن را دوره می کرد.